В отчете о результатах проверок целевого использования бюджетных средств в таможенных органах Счетной палате были представлены нарушения, которые мешают прозрачному осуществлению таможенных процедур. Отчет, который рассматривала коллегия Счетной палаты, касается мероприятий по информатизации с 2014 года до 2016 год.
Инспекторы посетили ФТС и два таможенных управления, а также Центральную энергетическую таможню и подчиненные ей посты. Проверка затевалась, чтобы выяснить, насколько эффективно расходуются выделенные из бюджета средства и как информационные технологии влияют на работу таможенных органов (в том, что касается таможенного оформления и контроля). Функции ФТС автоматизируются при помощи Единой автоматизированной информационной системы, и с 1994 года (то есть с момента создания) на ее содержание было потрачено 21,8 миллиарда рублей. К 2015 году 44% ее подсистем были признаны устаревшими.
Расходы на создание ПО для обеспечения таможенного контроля отражаются в графе «Научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы», а не в рамках закупки товаров и услуг в информационной сфере, как того требуют Указания о порядке применения бюджетной классификации. И поэтому на данный вид расходов не распространяются нормы постановления правительство РФ, ФТС не включила их в планы информатизации и не согласовала с Минкомсвязью. С ФТС связаны и другие нарушения, например, в некоторых планах информатизации был сильно превышен объем финансирования (на 1,24 миллиарда рублей).
Таким образом, в 2015 году фактически информатизация таможенных органов стоила на 1,024 миллиарда рублей дороже, чем было предусмотрено, и такая же ситуация сложилась по состоянию на 1 декабря 2015 года, разве что превышение составило 312,6 миллиона рублей. Вдобавок инспекторы выявили нарушение закона «О контрактной системе» в сфере госзакупок: ФТС, заключая контракт на оказание услуг по техподдержке программного обеспечения Oracle в 2015 году, рассчитывала цену контракта на основании предложений, которые никак не согласовывались с планируемой закупкой. Из-за этого максимальная цена контракта была завышена на 124 миллиона рублей.
Рассмотрев отчет, коллегия Счетной палаты решила направить его в Федеральное Собрание и Минфин. Кроме того, ФТС получит от Счетной палаты представление об устранении всех нарушений.