В апреле 2015 года проводилась проверка исполнения государственного бюджета Федеральной таможенной службой. Счетная палата РФ установила факты неправомерного вывода денежных средств из государства. Было установлено два вида нарушений.

Часть ввезенных в РФ товаров имела завышенную стоимость, оплата по ним была перечислена иностранным контрагентам, однако далее был произведен реэкспорт товаров без возврата платежей в страну. Кроме того, в составе технологического оборудования, подобного которому в России нет и которое по этой причине получает льготу при уплате НДС, ввозилось устаревшее оборудование - часть его была изготовлена еще в XX веке. Сумма льгот для таких товаров составила в прошлом году более двух миллиардов рублей.

Надзорное ведомство объясняет ситуацию тем, что некоторые нормативные акты толкуются по-разному таможенными и судебными органами. Существование противоречий послужило в минувшем году причиной того, что ФТС проиграла больше 21 тыс. судебных дел (75%) на сумму 32,5 млрд рублей. В результате проверки будет направлено представление в ФТС России и составлено обращение в Генеральную прокуратуру РФ. Информацию передадут в обе палаты Федерального собрания и в ФСБ России.